İzmir, 1. Kordon (Atatürk Caddesi) üzerindedir ve 1875-1880 yıllarında halı tüccarı Takfor tarafından ev olarak yaptırılmıştır. 9 Eylül 1922'de sahibi tarafından terkedilmiş ve hazinenin mülkiyetine geçirilmiştir. İzmir'e giren Türk ordusu burasını karargâh olarak kullanmıştır. 17 Şubat 1923'te İzmir İktisat Kongresi toplandığında Atatürk şahsi çalışmalarını burada yürütmüştür. Kongre bitiminde karargâh bu binadan taşınmış ve hazine binayı Naim Bey'e otel olarak kullanmak üzere kiralamıştır. 16 Haziran 1926'da İzmir'e gelen Atatürk, İsmet Paşa ile birlikte Naim Palas'ta kalmıştır. 13 Ekim 1926'da bina İzmir Belediyesi tarafından satın alınmış ve bazı yeni eşyalar da konularak Atatürk'e hediye edilmiştir. Atatürk 1930-1934 yılları arasında İzmir'e her gelişinde hep bu evde kalmıştır. 10 Kasım 1938'de Atatürk'ün vefatı üzerine, ev kızkardeşi Makbule Baysan'a veraset yoluyla intikal etmiştir. 25 Eylül 1940'ta İzmir Belediyesi binayı müze yapmak üzere istimlak etmiştir. Atatürk'ün İzmir'e gelişinin 19. yılına rastlayan 11 Eylül 1941 tarihinde müze törenle halka açılmıştır.
 
5 Ekim 1962 tarihinden itibaren müze "Atatürk İl Halk Kütüphanesi ve İzmir Şehri Atatürk Müzesi" adını almıştır. 28 Aralık 1972'de Başbakanlık Kültür Müsteşarlığı'nın 12088 sayılı yazıları ile binanın mülkiyeti İzmir Arkeoloji Müzesi'ne verilmiştir. Restore ve tanzim edilerek 29 Ekim 1978'de törenle "Atatürk ve Etnografya Müzesi" olarak ziyarete açılmıştır. Müzedeki etnografik eserler 13 Mayıs 1988'de açılan yeni Etnografya Müzesi'ne taşındıktan sonra müzenin adı "Atatürk Müzesi" olmuştur.
 
Bina Osmanlı ve levanten mimarisi karışımından meydana gelen Neoklasik tarzda bir yapıdır. Bodrum, zemin, 1. kat ve çatı katından oluşmaktadır. Dikdörtgen planlı arka cephesi revaklı, avlulu 852 m²lik bir alanı kaplayan kârgir bir yapıdır. Ön cephede 1. katta cumbası vardır.
 
Tüm zemin kat tabanı büyük boy mermer plakalarla döşelidir. Salonda yerde 34,5 m²lik Uşak halısı, sağ ve sol nişlerde mermer heykeller, büyük kristal ayna ve Atatürk büstü vardır. Sağ ve soldaki odada ve küçük salonda 19. yüzyıl stili nefis şömineler vardır. Birinci kata çıkan merdivenlerin başında aplik görevi yapan 2 adet tunç şövalye heykelciği vardır. Merdiven sahanlığında büyük Atatürk portresi asılıdır.
 
1. katta Atatürk'ün kullanım odaları bulunmaktadır. Bunlar: Toplantı salonu, çalışma odası, yatak odası, misafir odası, berber odası, muhafız odası, bekleme-kabul odası, kütüphane, yemek odası ve banyodur. Toplantı salonunda ortada yeşil çuhalı rulet masası ve etrafında 12 adet Cosmos marka sandalye yer almaktadır. Salon duvarlarına dayalı 10 adet küçük boy maun sandalyelerin arkalıklarındaki çini plakalar üzerinde Shakaspeare'nin eserlerinden kimi sahneler canlandırılmıştır. Yatak odasında maun karyola, 2 komidin, 2 kadife koltuk, 1 kanepe, 1 şezlong, 1 markiz, 3 dolap vardır. Yatak odaları günün modasına göre döşenmiştir. Kütüphanede Fransızca bir ansiklopedi bulunmaktadır. Çalışma odasında meşe kaplama çalışma masası ve onun üzerinde Atatürk'ün kullandığı yazı takımı vardır. Odalar bronz dolama heykeller, vazolar ve yağlıboya tablolarla süslenmiştir. Yerde Isparta ve Uşak halıları serilidir.